按收入定率征收所得稅納稅人如何進行匯算清繳，始終是征納雙方爭論的焦點，究竟如何進行匯算？筆者認為應該首先按核實征收企業所得稅納稅人那樣核實“收入總額”，然后再按照稅法規定確定“應稅收入額”，據以計算全年的應繳納的所得稅額。其依據有三：

    一是按照《企業所得稅核定征收辦法（試行）》（國稅發[2008]30號）規定，之所以對有些納稅人采取核定應稅所得率方式征收企業所得稅，是因為其不是成本、費用總額不能查實（或者通過合理方法也不能計算和推定，下同）就是收入總額不能查實，因此稅法規定：對能夠查實收入總額不能查實成本費用總額的納稅人，按“應稅收入額”核定應稅所得率征收企業所得稅，對不能查實收入總額且能夠查實成本費用總額的納稅人，按成本、費用額核定應稅所得率征收企業所得稅。

    二是原《核定征收企業所得稅暫行辦法》（國稅發[2000]038號）第十六條規定“納稅人實行核定征收方式的，不得享受企業所得稅各項優惠政策”，新《企業所得稅核定征收辦法〉（試行）》頒布后，廢除了原《核定征收企業所得稅暫行辦法》中關于“納稅人實行核定征收方式的，不得享受企業所得稅各項優惠政策”規定，即實行核定征收方式征收企業所得稅的納稅人也可享受相應的企業所得稅優惠政策了（按“應稅收入額”核定應稅所得率的，不享受與成本、費用和彌補虧損等有關的優惠政策；按成本、費用額核定應稅所得率的，不享受與收入有關的優惠政策）。

    三是《國家稅務總局關于企業所得稅核定征收若干問題的通知》（國稅函[2009]377號）規定：新《企業所得稅核定征收辦法〉（試行）》第六條關于按“應稅收入額”核定應稅所得率征收所得稅的納稅人，其“應稅收入額”等于收入總額減去不征稅收入和免稅收入后的余額“。按照《中華人民共和國企業所得稅法》（以下簡稱《企業所得稅法》）第六條、第七條、第二十六條和《國家稅務總局關于發布〈中華人民共和國企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表〉等報表的公告》（國家稅務總局公告2011年第64號）有關《〈中華人民共和國企業所得稅月（季）度和年度納稅申報表（B類）〉填報說明》規定，其”收入總額“是指以貨幣形式和非貨幣形式從各種來源取得的銷售貨物收入，提供勞務收入，轉讓財產收入，股息、紅利等權益性投資收益，利息收入，租金收入，特許權使用費收入，接受捐贈收入以及其他收入等項收入：”不征稅收入“是指財政撥款，依法收取并納入財政管理的行政事業性收費、政府性基金以及國務院規定的其他不征稅收入：”免稅收入“是指納稅人計入收入總額但屬于稅收規定免稅的收入或收益，包括：國債利息收入，符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益，在中國境內設立機構、場所的非居民企業從居民企業取得與該機構、場所有實際聯系的股息、紅利等權益性投資收益以及符合條件的非營利組織收入等項收入。因此，按”應稅收入額“核定應稅所得率征收企業所得稅的納稅人，其年終匯算清繳時申報的”收入總額“應該與核實征收所得稅納稅人的申報口徑一致，有關”收入總額“的調整項目和口徑也應當與核實征收所得稅的納稅人一致，即對其”收入總額“除賬面核算的主營業務收入、其他業務收入、公允價值變動凈收益、投資收益和營業外收入外，還要按照稅法規定對其不征稅收入、免稅收入、減計收入、視同銷售收入、接受捐贈收入、利息收入、重組業務收入、扣折讓收入、確認遞延收益的政府補助、境外所得、非依照權責發生制確認的收入、符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益、公允價值變動凈收益、逾期未退包裝物押金收入、確實無法償付的應付款項、已作壞賬損失處理后又收回的應收款項等進行調整。

    例如：某企業因成本、費用核算資料殘缺不全，2011年度經主管稅務批準按“應稅收入額”核定征收企業所得稅，核定定率為15%，已預繳企業所得稅7.5萬元，該企業按《小企業會計制度》進行會計核算，1—12月份賬面核算主營業務收入200萬元，其他業務收入40萬元，公允價值變動凈收益5萬元，投資收益10萬元，營業外收入3萬元，其中：在主營業務收入中有不征稅收入10萬元，免稅收入30萬元，按照稅法規定：視同銷售應調增收入18萬元，接受捐贈直接記入“資本公積”科目應調增收入20萬元，利息收入直接沖減“財務費用”應調增收入5萬元，不符合稅收規定的銷售折扣和折讓應調增收入2萬元，按產品和服務完工進度確認應調增收入15萬元，符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益應調減收入10萬元，公允價值變動凈收益應調減收入5萬元，逾期未退包裝物押金收入、確實無法償付的應付款項、已作壞賬損失處理后又收回的應收款項等調增收入7萬元，即：依照稅法規定按賬面核算資料確認“應稅收入額”200－（10＋30）＋40＋5＋10＋3＝218萬元，按非賬面核算資料調增“應稅收入額”18＋20＋5＋2＋15－10－5＋7＝52萬元，合計在匯算清繳時應申報“應稅收入額” 218＋52＝270萬元，應繳納企業所得稅270×15%×25%－7.5＝2.625萬元。

    需要注意的是：實行按收入定率征收所得稅納稅人，對不征稅收入、免稅收入亦應與應稅收入分別核算，沒分別核算或者不能準確核算的，其不征稅收入的免稅收入不能在計征所得稅時從“收入總額”中減除。